Een standaardbehandeling met antibiotica leidt vaak tot het verdwijnen van symptomen, maar een aanzienlijk deel van de patiënten houdt ziekteverschijnselen. Het hebben van persisterende klachten bij lymeziekte houdt in dat de klachten blijven aanhouden na een standaardbehandeling, of verdwijnen maar na een tijd weer terugkeren, tijdelijk verminderen met daarna weer verergering of er ontstaan nieuwe klachten. Ook progressieve ziektebeelden waarbij de patiënt achteruit blijft gaan, komen in de praktijk voor.