Wanneer de diagnose Lymeborreliose gesteld is, dan is de duur van de behandeling, vooral bij late en chronische Lyme, afhankelijk van het ziekteverloop. Dit wil zeggen dat de behandelingsduur in principe niet voor het begin van de behandeling bepaald kan worden, maar dat dit individueel maatwerk is. Wanneer er sprake is van blijvende symptomen of terugkeer van symptomen/klachten na behandeling, moet weer met antibiotica behandeld worden tot de klachten verdwenen zijn. Een patiënt die symptoomvrij lijkt, moet waakzaam blijven in het opmerken van een herhaling van de klachten of nieuwe nog onbekende symptomen, net als zijn of haar arts.
Voor het bestaan van het zogenaamde Post Lyme Syndroom bestaat geen goede wetenschappelijke onderbouwing. Blijvende of terugkerende klachten wijzen daarom op blijvende infectie, maar niet als er een duidelijk andere verklaring is. Onvoldoende reactie op behandeling kan ook wijzen op een tekenbeet-co-infectie.